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Une IA peut dire si les excréments anciens provenaient d'une personne ou d'un chien

Par Michael Le Page

fouille archéologique

Quand les archéologues trouvent des excréments anciens, savoir qui les a laissés est important

Tim Wright / Getty Images

Les excréments de chiens peuvent encore être gênants des milliers d'années après avoir été immergés. Les archéologues peuvent se retrouver dans un doodoo profond s'ils le confondent avec des excréments humains. Mais maintenant, un système d'intelligence artificielle a été développé pour discerner les deux.

Les excréments anciens, ou coprolites, peuvent être une source précieuse d'informations sur l'identité, l'alimentation et la santé des personnes qui vivaient il y a des milliers d'années. Mais les excréments de chiens, qui ont une taille et une forme similaires, sont également courants sur de nombreux sites archéologiques. «Il est difficile de les distinguer», explique Maxime Borry de l'Institut Max Planck pour les sciences de l'histoire humaine en Allemagne.

Son équipe a donc développé une méthode d'identification de la source des selles anciennes en séquençant l'ADN conservé à l'intérieur. Vous pourriez penser que la recherche d'ADN humain ou de chien suffirait à révéler l'identité du dumper, mais ce n'est pas si simple.

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Indices ADN

Les excréments de chiens contiennent souvent de l'ADN humain, grâce à leur goût de rentrer dans les crottes d'autres animaux, y compris ceux des humains. D'un autre côté, les excréments humains anciens contiennent souvent de l'ADN de chien, car manger des chiens a longtemps été monnaie courante dans de nombreuses communautés du monde entier.

Pour cette raison, la méthode de Borry examine tout l'ADN dans une coprolite, y compris celui des microbes vivant dans l'intestin, qui varient d'une espèce à l'autre. Son équipe a formé un système d'apprentissage automatique baptisé coproID en utilisant les données existantes sur les microbiomes humains et canins.

Les chercheurs ont vérifié le système en testant des échantillons de selles modernes, puis l'ont appliqué à 20 échantillons de sol ou de coprolites provenant de sites archéologiques dont la source est connue, ou du moins suspectée.

Les échantillons de sol n'ont pas trompé le système et ont été classés comme «incertains». Sept autres échantillons ont été clairement identifiés comme étant des chiens ou des humains. Par exemple, les excréments trouvés dans un pot de chambre au Royaume-Uni ne semblaient pas être humains en raison des parasites à l'intérieur. CoproID l'a identifié comme un chien doodoo.

Dans trois autres échantillons, l'ADN s'était trop dégradé pour être identifié. La source des trois derniers coprolites, à partir d'un site de sacrifice humain au Mexique appelé la Cueva de los Muertos Chiquitos – la grotte des enfants morts – n'était pas claire non plus.

Ces trois coprolites avaient un microbiome de type humain mais contenaient beaucoup plus d'ADN de chien que d'ADN humain. Une explication est qu'ils ont été excrétés par des personnes qui s'étaient récemment régalées de chiens.

«C'est une excellente étude», explique Lisa-Marie Shillito de l'Université de Newcastle au Royaume-Uni, dont l'équipe développe une méthode différente basée sur la recherche de biomarqueurs lipidiques, ou graisses. "Mais il y a des problèmes précis qui doivent être résolus avant que la méthode puisse être largement utilisée."

Référence de la revue: PeerJ, DOI: 10.7717 / peerj.9001

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